As instituições universitárias possuem características comuns partilhadas em várias regiões do mundo. Contudo, cada uma das Universidades possui suas marcas específicas. No caso da UNIJUÍ, as marcas que a diferencia das demais Universidades são sua inserção social e seu compromisso com o desenvolvimento da região.

A inserção social tem sua raiz na filosofia franciscana presente na fundação da antiga Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ijuí – FAFI – e nos primeiros doze anos de história da Instituição (1957-69). Esta marca se expressou historicamente na convicção de que a Universidade deve falar ao povo e estar vinculada a sua história.

O compromisso com o desenvolvimento tem origem na percepção de que era necessário, além do diálogo com a região, qualificar a matriz produtiva existente e ajudar na geração de novas alternativas. Estas são as marcas que diferenciam a UNIJUÍ das demais Universidades e a faz estar entre as grandes instituições do Estado do Rio Grande do Sul.