Os Programas Integrados de Formação são constituídos de ofertas associadas de cursos de graduação, a partir de suas respectivas diretrizes curriculares nacionais e áreas de conhecimento, visando à excelência acadêmica e a preparação do egresso para atuar em ambientes multiprofissionais e complexos.

Os cursos têm mais de 50% de suas cargas horárias integradas a partir da oferta de disciplinas comuns que constituem importantes núcleos de formação básica e profissionalizante para cada um dos Programas.

O Programa Integrado de Formação de Educadores é constituído pelos cursos de licenciatura em História, letras: Português e Inglês e Matemática, no campus Ijuí. Educação Física e Pedagogia nos campi Ijuí e Santa Rosa.  E pelo bacharelado em Educação Física nos campi Ijuí e Santa Rosa.

O Programa Integrado de Formação de Engenheiros é constituído pelos cursos de Engenharia Mecânica, de Software, de Produção, Civil e Elétrica no campus Santa Rosa. A novidade nesse programa é a oferta de dois novos cursos pela Unijuí, Software e Produção e pela extensão da oferta da Mecânica para Santa Rosa.

O Programa Integrado de Formação de Gestores é constituído pelos cursos de Administração e Ciências Contábeis nos campi Ijuí, Panambi e Santa Rosa. A novidade desse Programa é a oferta de Ciências Contábeis nos campi de Panambi e Santa Rosa.