A Unijuí deu início a duas residências médicas, em Ijuí e Santa Rosa, ambas previstas no edital que credenciou a Universidade para a oferta do curso de Medicina na região Noroeste. Também teve início a Residência Multiprofissional em Saúde, ofertada no campus Santa Rosa.

O Programa de Residência em Medicina de Família e Comunidade, com coordenação de Luis Antonio Benvegnu, tem como objetivo principal a formação profissional especializada para atuação prioritariamente em Atenção Primária à Saúde. Sua ação profissional deve ser qualificada e resolutiva na área clínica devendo estar apto para atuar em equipe multidisciplinar e desenvolver habilidades para atuar na saúde coletiva. O Programa deverá preparar o residente para: Prática Médica Clínica; Gestão e Sistema de Saúde e Ensino e Pesquisa.

Já o Programa de Residência Multiprofissional em Saúde da Família, coordenado por Marilei Uécker Pletsch, é um curso em nível de Pós-Graduação Lato Sensu que formará profissionais para atuarem preferencialmente na atenção básica à saúde. O curso é realizado por meio de uma parceria entre a Unijuí e a Prefeitura Municipal de Santa Rosa, por meio da Fundação Municipal de Saúde de Santa Rosa (FUMSSAR). Prepara profissionais para atuarem prioritariamente na Atenção Básica/Saúde da Família, orientados pelos princípios e diretrizes do SUS e a partir das necessidades e realidades loco regionais. Também tem o objetivo de desenvolver competências, habilidades e atitudes profissionais compatíveis e correspondentes com as linhas de cuidado para Atenção Básica/Saúde da Família, reconhecendo as particularidades e singularidades do sujeito enquanto indivíduo inserido em uma família e integrante de um meio sociocultural.