Os resultados do Exame Nacional de Cursos (ENADE) e o Conceito Preliminar de Curso (CPC) de 2011 foram publicados pelo MEC/INEP. A UNIJUÍ recebeu conceito 5 em um curso; conceito 4 em 11; e oito cursos alcançaram conceito 3.

O Conceito Preliminar de Curso (CPC) é a nota final de qualidade dada pelo MEC aos cursos de graduação das instituições de ensino superior no Brasil. A nota varia de 1 a 5, e é composta a partir dos resultados obtidos pelos estudantes no ENADE, do percentual de professores mestres e doutores, dos recursos didático-pedagógicos utilizados e das instalações físicas da instituição. Já o Enade é a prova feita anualmente pelo MEC, com o objetivo de acompanhar o processo de aprendizagem e do desempenho acadêmico dos alunos concluintes.

Para os cursos que tiverem nota igual ou superior a 3, o MEC publica automaticamente no Diário Oficial da União a Portaria de Renovação de Reconhecimento, ou seja, são cursos que têm condições satisfatórias de ensino.

 O curso de Geografia (EaD) da UNIJUÍ conquistou nota máxima no CPC do MEC; já os cursos que alcançaram nota 4, no campus Ijuí, foram: Ciências Biológicas - Bacharelado, Educação Física - Licenciatura (Presencial e EaD), Engenharia Civil, Engenharia Elétrica, Física, Pedagogia, Química e Sociologia (EaD) e no campus Santa Rosa os cursos de Educação Física - Licenciatura e Pedagogia.

Os cursos que ficaram com CPC 3 foram: Ciências Biológicas - Licenciatura, Ciência da Computação, História (EaD), Informática e Matemática, no campus Ijuí;  Engenharia Mecânica, no campus Panambi; e Ciência da Computação e Informática no campus Santa Rosa.

Outros cursos da UNIJUÍ não tiveram notas no CPC por não possuir alunos ingressantes, mas tiveram avaliação positiva no ENADE: no campus Ijuí, Filosofia ficou com nota 5 e Letras com nota 4; em Santa Rosa, o curso de Ciências Biológicas Licenciatura alcançou nota 4; Letras 3 e Matemática 3.