A Assembleia Geral é o órgão soberano da Fundação conforme dispõe o Artigo 6º do Estatuto da FIDENE. Em 2017, a Assembleia Geral esteve composta pelos seguintes membros:
| DESCRIÇÃO ESTATUTÁRIA | ||||||||||||||
| I - Presidente da Fundação | Cátia Maria Nehring | |||||||||||||
| II - o Vice-Presidente da Fundação | Martinho Luís Kelm | |||||||||||||
| III - um representante da Associação Literária São Boaventura, doadora do patrimônio inicial de constituição da Fundação ou de sua sucessora. |
Frei Gilmar Gonçalves de Azevedo/ Frei Eduardo Luis Canali |
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| IV - um representante da Inspetoria Salesiana São Pio X, mantenedora do Instituto Educacional Dom Bosco, em razão da transferência dos cursos superiores da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras e da Faculdade de Educação Física à Fidene. | Padre Asídio Deretti | |||||||||||||
| V - um representante da Igreja Evangélica de Confissão Luterana no Brasil - IECLB, em razão da doação de recursos para investimentos em infraestrutura da FIDENE e suas mantidas. | Pastora Ana Isa dos Reis | |||||||||||||
| VI - um representante do Governo do Estado do Rio Grande do Sul designado pelo Governador do Estado. | Sem indicação | |||||||||||||
| VII - um representante do poder executivo e um do poder legislativo de cada município sede de campus da UNIJUÍ , que venham contribuindo, com o limite mínimo fixado em Assembleia Geral da FIDENE, nas condições estabelecidas pela mesma Assembleia. |
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| VIII - três representantes de cada Conselho Regional de Desenvolvimento com sede na área de abrangência da FIDENE/UNIJUÍ. |
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| IX - um representante de entidade brasileira que contribua, de uma vez, com doação não inferior ao limite mínimo fixado em Assembleia Geral da Fundação. | ||||||||||||||
| X - um representante de entidade brasileira, de município não sede de campus e de Associação de Contribuintes à Fundação, que venham efetivamente contribuindo, com o limite mínimo fixado em Assembleia Geral da FIDENE, nas condições estabelecidas pela mesma Assembleia. |
Poder Executivo de Horizontina : Antonio Otacílio Lajus Poder Executivo de Nova Candelária : Carlos Luiz Rohr Poder Executivo de Ijuí: Valdir Heck Poder Executivo de Santa Rosa: Alcides Vicini |
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XI - o Reitor, os Vice-Reitores, os Pró-Reitores de Campus e os Chefes de Departamentos da Universidade Regional do Noroeste do Estado do Rio Grande do Sul – UNIJUÍ.
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| XII - o Dirigente de cada uma das demais mantidas da FIDENE. |
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| XIII - representantes dos professores da FIDENE, correspondente ao número de campus universitário, eleitos por seus pares em eleição coordenada por comissão designada pelo Presidente da Fundação, para mandato de 3 (três) anos. |
Mandato: 12 de junho de 2016 a 11 de junho de 2019
Carlos Alberto Simões Wayhs Ivanildo Scheuer até 18/07/2017 Denize Da Rosa Fraga Maiquel Ângelo Dezordi Wermuth |
| XIV - representantes do pessoal técnico-administrativo e de apoio da FIDENE, correspondente ao número de campus universitário, eleitos por seus pares em eleição coordenada por comissão designada pelo Presidente da Fundação, para mandato de 3 (três) anos. |
Mandato: 12 de junho de 2016 a 11 de junho de 2019 Amália Iracema Pasche Eliza de Fátima Menegazzo Leila Wadas Marcos Antônio Clebsch |
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| XV - representantes dos estudantes da UNIJUÍ, correspondente ao número de campus universitário, indicados pelo Diretório Central dos Estudantes no início de cada ano letivo. |
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A Assembleia Geral esteve reunida em duas oportunidades, no decorrer deste ano de 2017, para apreciar e deliberar sobre os seguintes assuntos: